او تا سال 1370 یعنی 37 سالگی برای ابومسلم بازی کرد و بعد کفهایش را برای همیشه آویخت و از فوتبال خداحافظی کرد. اکبر میثاقیان تا سال 1373 برخی دوره های مربیگری را گذراند و در این سال به عنوان کمک مربی , دوره جدید فعالیتش را درابومسلم آغاز کرد و یک سال بعد سرمربیگری سیاه جامگان مشهد را بر عهده گرفت؛ (( من رهبری و هدایت را دوست داشتم. در خودم می دیدم که مربی شوم. به نظر من مربیگری ذاتی است, همان طور که فرشاد, ذاتا گلزن بود. خب می دانم که مطالعه و دیدن و علم هم خیلی روی مربیگری تاثیر دارد )).
او با پیگیری اش مدرکA مربیگری را دریافت کرد, اما به این مدرک اکتفا نکرده؛ (( شاید هیچ کس به اندازه من در مورد این کار مطالعه نکند. منابع خارجی را می گیرم به عروسم که مترجم زبانه, می دم. اون ترجمه می کنه و من می خونم. فیلم هم که تا دلتون بخواد می بینم. من هر کلاس مربیگری که گذاشتن, رفتم. دوستام از آلمان و انگلیس همیشه فیلم بازی و تمرین تیم های بزرگ رو می فرستن و من تمامشون رو تک به تک با دقت بررسی می کنم )).
سال 1378 پس از اختلاف با مدیران باشگاه, ابومسلم را ترک کرد و به پیام مشهد پیوست. شموشک, تیم بعدی اکبر میثاقیان بود. او به نوشهر رفت و 2 سال پیاپی هدایت این تیم را بر عهده گرفت؛ (( من از حضور مهندس درویش لذت می بردم. آدم به این علاقه مندی من ندیده بودم. در هر دوره به جز بزرگسالان, 2 تیم درست کرده بود)). او توانست شموشک را به لیگ برتر هدایت کند و سپس دوباره به مشهد بازگشت؛ (( نمی شد؛ زن و بچه ام تو مشهد بودن. خانمم معلم بود و نتونست باهام بیاد نوشهر. منم سختم بود. آن زمان سردار ملاحی مدیر عامل باشگاه بود )).
پیش از آنکه میثاقیان عزم وطن کند , فرهاد کاظمی , فیروز کریمی و محمود یاوری هدایت ابومسلم را بر عهده داشتند. نفر آخر فیروز کریمی بود. او پیش از رفتن از مشهد به مسئولان تیم گفته بود: (( پیشنهاد می کنم که اکبر رو بیارین؛ اون بهتر از همه س. فکر می کنم این تیم مال اکبره)).
از طرف دیگر اکبر میثاقیان که دیگر نمی توانست دوری ابومسلم را تحمل کند, به سردار ملاحی پیغام فرستاد که (( می خوام برگردم؛ البته اگه شما بخواین! )). سردار هم از موقعیت استفاده کرد و برگه های قرارداد را جلوی میثاقیان گذاشت.
پس از آن ابومسلم روند رو به رشده را در پی گرفت. رابطه مناسب میثاقیان – ملاحی اگرچه در برخی موارد به تاریکی شب هم می رسید اما خیلی طول نمی کشید که صبح شود؛ مثل باخت 2-3 ابومسلم به استقلال در مشهد؛ آنهم در دقایق پایانی بازی؛ (( 0-2 جلو بودیم. آخر بازی همه چیز بر عکس شد و ما 3 گل خوردیم. سردار اومد تو رختکن , تند صحبت کرد. حتی توی مصاحبه اش گفت , اما بعدش همه چی حل شد. خب منم آدمی نبودم که به همین راحتی ابومسلم را ول کنم. تازه کجا می رفتم؟ تیم مال خودمه. تو همین رابطه دوستانه بود که جباری , بادامکی و تیموریان و خیلی های دیگه کشف شدن. آدم که نمی تونه به خاطر یه حرف, همه چی را بذاره بره )).
در این میان پیشنهاد اغوا کننده مس کرمان هم نتوانست میثاقیان را ازمشهد جدا کند؛ (( پیشنهاد اونا 2 برابر پولی بود که از ابومسلم می گرفتم. هر کاری کردم که دلم راضی شه, نشد که نشد. از یه طرفی پول خوبی می دادن و از طرف دیگه نمی تونستم از ابومسلم و مشهد جدا شم. منتظر یه بهونه بودم که سردار داد دستم؛ خب اون گفت نرو, منم از خدا خواسته, بی خیال شدم )).
نتیجه اش کسب عنوان پنجمی در لیگ برتر و انتخاب به عنوان بهترین تیم شهرستانی بود. اما تغییرات مدیریتی باشگاه در ابتدای فصل و آمدن ناصر شفق به جای سردار ملاحی و سپس حضور خداداد عزیزی در مشهد که به دلیل بیماری پدرش در مشهد سکنی گزیده بود در راس سازمان فوتبال ابومسلم , اگرچه خوش یمن نمی نمود, اما میثاقیان بد به دل راه نداد و فصل را با تیم مدیریتی جدید آغاز کرد. با وجود این اختلاف ها خیلی زود سرباز کرد. آنچه می شد از ترکیب ناهمگون عزیزی – میثاقیان فهمید, این بود که آخر و عاقبت خوبی متصور نیست. آنچه دیگران در ستاره ها می جستند, خیلی زود تعبیر شد؛ درست پس از بازی اول ابومسلم در لیگ برتر, میثاقیان استعفا داد و بلافاصله ارتباطش را با تیم و باشگاه ابومسلم قطع کرد. درباره آنچه پیش آمده , نمی توان چیزی از میثاقیان پرسید: (( نه! این سوال را جواب نمی دم. در مورد چیزای دیگه بپرس, در خدمتم. آقای شفق و عزیزی را هم دوست دارم. امیدوارم هر طوری شده, بچه ها و ایشان نتیجه بگیرن)). با این حال او این روزها را در استراحت مطلق سپری می کند اما گویی هواداران ابومسلم قصد ندارند از خواسته شان یعنی حضور مجدد او در تیم دست بردارند.